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Tu est sûr que multicraft supporte bungeecord ? Il ne fonctionne pas comme spigot ou bukkit. Je te conseil de lire le wiki de bungeecord
Sinon, normalement, il n'y a pas besoin de lui dire de se lancer en 1.12, ce sont les serveurs spigot/bukkit que tu va relier au bungeecord, qui vont définir les versions avec lesquels les joueurs peuvent se connecter.
Multicraft supporte bien Bungeecord, comme n'importe quel jar Minecraft normalement.
Si t'as question est "comment dire à Bungeecord d'utiliser la 1.12", c'est que tu n'as pas bien compris son rôle. Dans ce cas, il supporte les clients de la 1.8 à la 1.13.2 mais la version "jouable" (Minecraft) est celle du serveur (Spigot) auquel tu te connectes.