Tu dois mettre le port 25565 de base sur BungeeCord (ou un autre port, mais c'est le port sur lequel les joueurs vont se connecter).
Ensuite, mets des ports différents pour tes instances de Spigot, et tu mets ces mêmes ports dans ta configurations de BungeeCord, en bas.
J'ai posté récemment un tutoriel pour configurer BungeeCord: http://minecraft.fr/forum/index.php?threads/bungeecord-relier-plusieurs-serveurs-entre-eux.138115/
Bon courage à toi en tout cas ! Une fois pris en main, c'est très rapide à mettre en place.