Uploader c'est l'inverse de télécharger.
Si le serveur est sur ton ordi, c'est télécharger en fait. Mais si c'est sur un FTP, ben tu le télécharges sur ton ordi et ensuite tu l'envoies de ton ordi (=upload) vers le FTP.
Si tu n'as pas de dossier plugins dans ton serveur, c'est que ton serveur n'est pas un serveur Craftbukkit.