Java est le langage de programmation utilisé par Minecraft PC. Il sert donc aux plugins, qui utilisent des fonctions ajoutées grâce à CraftBukkit/Spigot.
Skript, c'est un langage de programmation spécialement créé pour faire des plugins. Il utilise en fait le plugin codé en java éponyme pour que le serveur puisse comprendre.
En terme d'optimisation, le mieux reste le java, mais c'est moins facile à prendre en main, les codes sont plus longs et si tu veux que quelqu'un fasse les trucs à ta place, il sera moins facile à trouver. Le Skript lui, utilise avant tout dans son code les tabulations, ce qui le rend plus lisible si on n'est pas organisé, il est pas très compliqué à apprendre dans la mesure où sa syntaxe consiste en des phrases en anglais, mais comme je disais au dessus, il est moins optimisé.
'fin si tu veux créer un serveur et que tu connais pas des choses basiques de ce type - genre que le seul Java qui ne soit pas un langage, c'est une île indonésienne -, je pense que tu devrais t'instruire vraiment beaucoup avant de te lancer.
Si tu veux en savoir plus sur le Skript, c'est par ici :
http://minecraft.fr/forum/threads/skript-enorme-tuto.151203/
Et pour les plugins directement en java, là :
http://wiki.bukkit.org/Plugin_Tutorial/fr