Euh j'ai la même version et n'ai pas du tout cette structure ...
/plugins/
/permission/
/world/
groups.yml
users.yml
/world_nether/
groups.yml
users.yml
globalGroups.yml
globalUsers.yml
storageconfig.yml
Sachant que les "global" n'ont jamais fonctionné chez moi ...
Les paramètres se font donc dans les "groups" et "users" de chaque monde.