Si le panel vous le permet, vous pouvez modifier le spigot.yml directement, autrement il faudra le télécharger (probablement à l'aide d'un accès FTP) puis le modifier sur son ordinateur. Ensuite il suffit d'upload le fichier modifié sur le serveur.
Quant au problèmes de lag, tellement de facteurs peuvent rentrer en compte (une surcharge d'entités, des systèmes ou autres boucles de redstone assez lourdes, des plugins rencontrant des erreurs assez gênantes , etc...).
Un premier moyen de connaître la (ou les ?) source(s) de ces lags est de voir les logs et la liste des plugins. Les mettre dans une balise code ne serait pas de refus (séparés bien sûr).