Ce n'est pas vraiment un problème, regarde comment ton craftbukkit s'appel.
Normalement il devrait s'appeler: craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar.
Tu peut le renommer, après dans ton run.bat, start.bat, lancement.bat, ect, modifie avec Notepadd++ ou le Bloc-Notes et met ceci:
" @echo off
java -Xms1024M -Xmx1024M -jar craftbukkit-0.0.1-SNAPSHOT.jar
pause "
Si ton craft bukkit s'appel bukkit.jar tu met:
" @echo off
java -Xms1024M -Xmx1024M -jar bukkit.jar
pause "
Et ainsi de suite, voilà.