Je crois avoir trouvé. Il y a un conflit de SEED !!!!
Avec la commande de world edit (//regen), si je le fais ou moi je trouve des bugs, ça ne fait rien, si je le fais la ou tout va bien, ça crée la continuité du chunk qui bug. Je me rappelle que quand je charge un monde depuis bukkit, il me donnait 2 seeds : level 0 et level 1, je pense que on peut le modifier dans le fichier level.dat ... dans le fichier server.proprieties, j'ai mis mon seed de base dans le level-seed, ça ne marche pas.