Pour que le fichier server.properties se créer il faut que tu lances ton serveur, et lorsque tu le lances celui-ci génère les quelques chunks aux alentours, avec le générateur de monde par défaut.
Si tu veux changer le générateur de monde, tu dois soit supprimer les mondes (les dossiers que je t'ai indiqué, vu qu'il n'y a rien dessus ça ne pose pas de problème), soit aller un peu plus loin afin que de nouveaux chunks se génèrent, avec le nouveau générateur.