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L'étymologie du mot « pingouin » est incertaine.
Le terme n'est attesté en français qu'en 1598, pour la première fois, sous la forme pinguyn (Lodewijcksz, Premier livre, fo4 rods Arv., p.410). Il s'agit d'un terme issu du néerlandais, le français ayant effectivement pris de nombreux termes au néerlandais à partir de cette époque, notamment du vocabulaire relatif à la faune et aux techniques maritimes. Il aurait été introduit plus spécifiquement par le biais des livres de voyage hollandais. Le même terme a été également emprunté par l'allemand à la même époque sous la forme pinguin et est attesté en anglais également au XVIe siècle sous la forme penguin « manchot ».
L'origine du terme néerlandais est obscure. Le dictionnaire étymologique de l'afrikaans, Etimologiewoordenboek van Afrikaans, prétend que le mot a été emprunté au portugais.
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