C'est pas Mojang en particulier, c'est une méthode de numérotation très courante. Le premier chiffre marque un tournant majeur (1.0 : lancement du jeu), le second une mise à jour conséquente (1.9 : ajout/modification de nombreuses fonctionnalités) et le troisième un apport mineurs (1.9.2 : bugfix). Ainsi, tant qu'aucune version ne marquera de tournant majeur, on continuera à avoir des 1.x, et il en va de même pour les patchs: on peu très bien avoir une 1.9.16 si la 1.9 contient de nombreux bugs à corriger.